Niels Pfeffer schloß 2017 sein Bachelorstudium in Cembalo bei Jörg Halubek und klassischer Gitarre bei Johannes Monno in Stuttgart ab. Anschließend studierte er im Master bei Robert Hill in Freiburg (Cembalo) und Zoran Dukić in Den Haag (Gitarre). Beide Studien beendete er mit Auszeichnung. 2021 schloß er einen spezialisierten Master Generalbass an der Schola Cantorum Basiliensis bei Jörg-Andreas Bötticher erfolgreich ab.

Seit Wintersemester 2017/18 war er zunächst als Lehrbeauftragter für Cembalo-Korrepetition an der Musikhochschule Stuttgart tätig, seit Sommersemester 2018 unterrichtet er dort zudem Theorbe und Continuo. Bis zum WS 21/22 war darüber hinaus als Dozent für Cembalo, historische Aufführungspraxis und Cembalo-Korrepetition an der Musikakademie Kassel tätig. Seit dem WS 21/22 promoviert er im Bereich der Interpretationsforschung und ist wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Universität Tübingen.

Mit beiden Instrumenten, Laute und Cembalo, hat er bei zahlreichen Orchestern und Festivals gespielt, u.a. mit dem Nordic Baroque Orchestra, Rotterdam Philharmonic Orchestra, dem Staatsorchester Kassel, Sinfonieorchester Basel, Capricornus Consort Basel, &cetera, Hassler Consort, und vielen mehr. Als Cembalist der Ensembles La Serenité, Le Tic-Toc-Choc und Bryggan war er bei verschiedenen Alte-Musik-Wettbewerben erfolgreich. 2019 gewann er beim ersten internationalen Wettbewerb für Continuo und Partimento in Kattowitz den 3. Preis.

Meisterkurse erhielt er unter anderem von Konrad Junghänel, Christophe Rousset, Skip Sempé und Frederic Haas. Fernseh- und Rundfunkaufnahmen, Konzerte und Meisterkurse gab Niels Pfeffer in den letzten Jahren in Estland, dem Libanon, Armenien und Mexiko. 2014 erhielt er ein Deutschlandstipendium sowie 2017 und 2018 ein Excellence Scholarship des Royal Conservatory Den Haag.