Karl Kaiser studierte an den Musikhochschulen Köln und Münster. Entscheidende Impulse erhielt er von Konrad Hünteler.
Parallel dazu studierte Karl Kaiser Theologie, Philosophie und Musikwissenschaften an den Universitäten in Bonn und Köln.
Seit Jahrzehnten konnte er sich als Solist, Kammer- und Orchestermusiker im Bereich der historischen Interpretationspraxis sowie als Lehrer für historische Flöten einen hervorragenden Namen machen.

Karl Kaiser war 28 Jahre Soloflötist des Freiburger Barockorchesters. Mit diesem Ensemble hat er über Jahrzehnte in den großen Konzertsälen der Welt die Musik des 18. und 19. Jahrhunderts gespielt. Nach vielfältigen weiteren und inspirierenden Erfahrungen mit Solisten, Kammermusikgruppen und Orchestern konzentriert er sich heute auf wenige, sich ergänzende Ensembles und auf seine Lehrtätigkeit.

Karl Kaiser Soloflötist von La Stagione Frankfurt unter der Leitung von Michael Schneider und ist auf CDs mit Flötenkonzerten von Telemann, Abel, Graun und Holzbauer zu hören.

Er ist Flötist der Camerata Köln mit weltweiten Konzerten und mit mehr als 50 CDs, die einen großen Teil  der barocken und klassischen Kammermusik dokumentieren.

Karl Kaiser ist Flötist des Ardinghello Ensemble, das Kammermusik der Klassik und Romantik für Flöte und Streichtrio spielt.
CDs erscheinen bei MDG und CPO, zuletzt das gesamte Flötenkammermusikwerk von Ferdinand Ries.

Karl Kaiser ist Professor an der Musikhochschule Frankfurt für barocke und klassisch-romantische Traversflöte. Seine Erfahrungen gibt er regelmäßig in Meisterkursen an die junge Generation weiter. Mit Michael Schneider und Paul Dahme eingagiert er sich im Frankfuter Flöten Forum für eine übergreifende Sicht auf die Botschaft der Musik. Im Verlag con brio erschien seine Lehrschrift Basiswissen Barockmusik. Im Verlag Walhall erschien 2014 sein Buch Principes de la flûte über die Lehren des Jacques Hotteterre.